Um meteoro cai na Terra e com eles vêm All e Ann, dois alienígenas, e a árvore Makaiju. Para sobreviver, eles precisam da energia da árvore, que é roubada dos seres vivos e eles decidem que os seres humanos são a melhor fonte de energia. All e Ann entram também na escola das meninas disfarçados e acabam se apaixonando, All por Serena e Ann por Darien, que sofre de amnésia e esqueceu Serena após a batalha passada.
Para atrair os humanos e roubar energia, os dois concebem um plano: forjam uma audiência para um filme aonde roubariam as energias dos candidatos e lá, sob o ataque de um monstro, Luna se vê forçada a fazer as meninas lembrarem de todo o acontecido.
Para lutar contra os extraterrestres, surge o Cavaleiro da Lua, que é a materialização da verdadeira vontade de Endymion (alterego de Darien) em proteger Sailor Moon. Depois de muitos episódios de lutas contra monstros, a verdade sobre Ann e All é descoberta e eles lutam contra Sailor Moon, mas durante essa luta, a árvore Makaiju ataca All pelas coisas ruins que fizeram e ele é defendido por Ann que morre. Já purificada por Sailor Moon, a árvore ressuscita Ann e torna-se uma muda. Os dois percebem que se amam e prometem ir recomeçar em um novo planeta.
Depois disso, surge Rini, apelidada pelas meninas de Pequena Serena dizendo que veio da Tóquio de Cristal do século XXX em busca do Cristal de Prata para levá-la ao futuro. Atrás dela e do Cristal, vem o grupo Black Moon: as irmãs Ayashi: Cooan, Beruche, Kalaberas, Petz e Rubeus. Elas são aos poucos derrotadas e por fim, passam a questionar os motivos por traz da luta, até que são transformadas em humanas por Sailor Moon. Chegam mais integrantes do Black Moon: o príncipe Diamante, seus irmãos Saphiro, Esmeralde e o Grande Sábio.
Sailor Plutão aparece pela primeira vez e leva as heroínas para ver a situação no futuro. A cidade de Tóquio de Cristal, governada por Endymion e Serenity, está ameaçada desde que Rini fez o Cristal que a protegia desaparecer. Aproveitando-se de sua tristeza e culpa, o Grande Sábio a transforma em Black Lady, fazendo-a lutar contra as Sailors. Nesse meio tempo, ele transforma Esmeralde em um dragão e o faz tentar derrotar as Sailors. Saphiro morre ao tentar dizer ao irmão que este está sendo enganado pelo Grande Sábio.
Serena é seqüestrada por Diamante, que está apaixonado e tenta fazê-lo ver que está sendo enganado. Ele acaba morrendo nos braços de Serena, assassinado pelo Grande Sábio. Por fim, elas têm que lutar contra Black Lady — que mais tarde recupera a memória quando Darien, Serena, Amy, Lita, Ray e Mina a fazem ver que ela tem amigos e que é amada — e ela ajuda Serena, transformada em princesa Serenity, a derrotar o vilão.
